Colecția de incunabule din Biblioteca Batthyaneum este cea mai mare din România, și una dintre cele mai valoroase, deținând incunabule rare, foarte rare sau unice la nivel național.
Din cele aproximativ 1400-1500 de incunabule, existente pe teritoriul României, mai mult de 575 sunt în patrimoniul Bibliotecii Batthyaneum. Colecția conține, spre exemplificare, cea mai importantă ediție renascentistă a lui Aldus Manutius, ediția princeps (1495-1498) în 5 volume a operei lui Aristotel, sau ediția princeps a Iliadei și Odiseei lui Homer din 1488, de către Demetrios Chalcondylas.
Totodată, există incunabule semnate și adnotate de către marele umanist german Conrad Celtis. Ediții rare din literatura clasică latină, Titus Livius, Suetonius, Martialis, Apuleius. Dar și ediții rare din literatura timpurie creștină, Sfântul Augustin, părinții capadocieni, Sfântul Ambrozie, Tertullian și mulți alții.
