Din cele 515 manuscrise repertoriate din România, 301 se află în patrimoniul Bibliotecii Batthyaneum. Mai mult de jumătate din tot ce deține România ca manuscris medieval, cuprinzând perioada secolelor IX-XVI, este aici. În cap de listă este codicele carolingian din anul 810, denumit și Evangeliarul din Lorsch sau Codex Aureus, cumpărat de episcopul Ignatius de Batthyán încă din 1782 de la arhiepiscopul imperial de la Viena, Christoph Migazzi.
Majoritatea codicelor sunt pe pergament, cu tematică teologică, filozofică, literară sau istorică. Există și o colecție de 19 manuscrise valoroase (secolele XVII-XVIII) care au aparținut comunității Anabaptiste din Vinț, digitizate integral în anul 2023.
Totodată, colecția totală de manuscrise, 1779, în care sunt și manuscrise moderne, s-a îmbogățit în anul 2022 cu un manuscris etiopian unic în România de secol XVIII-XIX, donat de colecționarul privat Emilian Radu.
